Обычная история. Колени могут болеть по нескольким причинам. И скорее все они происходят от  техники выполнения. Недостаточная амплитуда приседаний. Ты не достаточно глубоко ( низко) садишься. Нижней точкой должна быть позиция,  в которой тазобедренный сустав будет находится немногим ниже коленного. Второе. Твои коленные суставы сильно выступают за пальцы стопы . Незначительный выход допускается. Недостаточная мобильность голеностопного и тазобедренного суставов может тоже провоцировать боль. Следи за тем , чтобы колени имели одну плоскость направления со стопами. Не допускай излишнего "провала"коленей во внутрь. Если испытываешь дискомфорт уже в момент выполнения движения, то это изъяны техники. И решив вопросы с последней можно добиться исчезновения болей. И последнее. Чрезмерно большой объем выполняемой работы. Попросту, ты слишком много приседала. Во всех случаях боль связана с воспалением сустава и близлежащих тканей. Полный отдых на протяжении 3-5 дней может помочь. Если же боли остаются, то проблема лежит далеко за областью моей компетенции. А приседания просто помогли проявить признаки заболевания. Тогда в таком случае тебе к врачу.