Вполне вероятно, болят связки и голеностопные суставы. Бег весьма травматичный вид физической нагрузки. Прекрати бегать как минимум на 7-10 дней. До того момента, пока боли не уйдут или не утихнут. Далее план таков. Смени кроссовки. Возможно, в этом проблема. Удели внимание предварительной разминке: серия приседаний, подъемов на носки; статическая растяжка мышц и связок бедер, стоп и голени; далее следует быстрая ходьба 5-10 минут. Темп: беги в таком темпе, чтобы сначала стопа становилась на пятку, далее прокатывалась по всей своей поверхности, и затем следовал толчок носком. Если бежишь на беговой дорожке, то просто старайся бежать как можно тише, практически бесшумно. В случае неутихающих болей и с возможным нарастанием, обратитесь к врачу.